燃料电池应用领域可以归结为发电系统、运输工具、便携式电源以及定置型发电系统等领域。据统计，在全球燃料电池应用市场中，以发电系统和便携式电子产品为主，而近年以运输工具和可携式电子产品应用需求增长较快。其中发电系统市场占有率最高为44%，其次为可携式电子产品占27%，产业用定置型发电系统及叉举车等特定用途动力系统占15%，汽机车占14%。
与国外不同的是，国内燃料电池应用市场重点在运输工具领域，占到整个应用领域的74%，而便携式电源占16%，发电系统电源占10%左右。与此相对应的是，为了适用于车用燃料电池市场，国内燃料电池研究投入最大的领域在于质子交换膜燃料电池（PEMFC），其投入占燃料电池投入的五成以上。同时，制约燃料电池另外两大瓶颈，燃料储存和燃料基础设施的研究投入也占相当大的比例，分别占投入的15%和8%。
目前，燃料电池行业重在研发而非产业化，国内有60多家机构在从事燃料电池的研究，这些机构中的大多数为研究所，研究的重点多是PEMFC技术。国内实现产业化生产的燃料电池企业很少，规模较大的主要有大连新源动力股份有限公司、上海神力科技有限公司等，它们的产品主要集中在质子交换膜燃料电池，包括此类燃料电池的双极板、质子交换膜和相关的实验设备等。所生产出的燃料电池往往出售给政府部门、科研院所、高校等机构，如应用于新能源汽车的燃料电池主要通过政府、大型国企采购，以公交车和政府用车为市场切入点。
